由醫療器械公司研發并生產的全自動生化分析儀常見的分析方法有：終點分析法、連續監測法、比濁測定法。
1.1  終點分析法
1.1.1 一點終點法  
      該法的特點是使用一種或兩種試劑，待測定物與試劑反應達到終點時，測定吸光度，計算待測物的濃度。該法常見的有總蛋白雙縮脲法、白蛋白溴甲酚綠法、葡萄糖氧化酶法。
1.1.2 兩點終點法  
      也稱固定時間法。在單試劑分析中，該法可以消除樣品以及試劑的顏色、濁度的干擾，其原理是在樣品與試劑混合后的延滯期后讀取一個點A1，一定時間后讀取A2，ΔA=A2-A1，然后比較標準和測定的ΔA值，求得待測物的濃度。單試劑分析常見的有肌酐苦味酸法。在雙試劑分析中，該法還具有消除內源性物質測定的干擾，其原理是加入試劑1后讀取A1，加入試劑2后讀取A2，A1相當于讀出樣品空白值，A2才是實際呈色反應，因此ΔA=A2-A1。
1.2 連續監測法  
     其原理是在酶促反應的最適條件下，用物理、化學或酶促反應的分析方法，在反應速度恒定期（零級反應期）來連續觀察和記錄一定反應時間內底物或產物量的變化，以單位時間酶反應初速度計算出酶活力的大小和代謝物的濃度。其具體方法有兩點速率法和多點速率法。
1.2.1 兩點速率法  
     觀察在零級反應期內兩個時間點的吸光度，用兩個點的吸光度的差值（ΔA）除以時間（分），計算出每分鐘的吸光度變化值。
1.2.2 多點速率法  
     在酶促反應進程的零級反應期內每隔一定時間（2-30s)進行一次監測，連續監測多次，求出單位時間內的反應速度。
1.3 比濁測定法  
     自動化生化分析儀一般只能做透射比濁分析，其原理是在光源的光路方向測量透過光強度，它常用于終點法測定，目前應用較多的為免疫透射比濁法。目前主要用于血清特種蛋白的檢測，如載脂蛋白、微量蛋白、急性時相反應蛋白、免疫球蛋白以及某些藥物監測等。

2. 溫度
   一般生化分析儀的恒溫控制器可以對25℃、30℃、37℃三種溫度進行恒溫，根據需要可以任意選擇。由于酶在達到最適溫度以前，溫度每升高10℃，反應速率增加1-2倍，因此IFCC推薦酶測定時的溫度設置為37℃。

3.波長
3.1 單波長  
    當測定體系中含有一種組分或在混合溶液中待測組分的吸收峰與其他共存物質的吸收波長無重疊時，可選用。如果一個物質有幾個吸收峰，可選用吸光度最大的一個波長，或者選擇在吸收峰處吸光度隨波長變化較少的某個波長。
3.2 雙波長  
     當被檢溶液混濁或存在較多的干擾物質時，測定時會出現光散射和非特異性光吸收，從而影響測定結果的準確性，此時可用雙波長測定，以提高測定結果的準確性，而在實際應用中選擇輔助波長主要用于消除脂血、溶血、黃疸的干擾。由于脂質、血紅蛋白、膽紅素在較寬的波長范圍內有較強的光吸收，常常同測定波長有重疊，此時測得的吸光度包含待測物質的吸光度和干擾物質的吸光度，因此選用合適的輔助波長可以消除干擾物質的吸光度。輔助波長的設置原則是根據測定波長選擇輔助波長，要求干擾物質在測定波長同輔助波長有相同的吸光度。

4. 樣品量和試劑量
    樣品和試劑量的設置原則一般是根據試劑說明書上的比例，并結合儀器的特性進行設置。儀器的特性包括：樣品和試劑的最小加樣量及加量范圍、最小反應液的體積等。在實際工作中為節約成本可以根據比例縮小樣品和試劑用量，但同時必須滿足最小反應液總量。但值得注意的是，樣品量不應少于3μl，否則測試結果的重復性差。